中央本線
神田〜代々木および新宿〜塩尻〜名古屋 計394.9キロ 幹線 全線直流1500V電化 軌間1067ミリ
神田〜代々木および新宿〜塩尻間／JR東日本所属 塩尻〜名古屋間／JR東海所属 塩尻駅の帰属はJR東日本
第1種鉄道事業 通称「中央東線（東京〜塩尻）」 「中央西線（塩尻〜名古屋）」
| 駅名 | 平成19年現在の所在地 | 平成12年当時の所在地 |
| 神田 かんだ | 東京都千代田区鍛冶町2丁目 | ― |
| 御茶ノ水 おちゃのみず | 東京都千代田区神田駿河台2丁目 | ― |
| 水道橋 すいどうばし | 東京都千代田区三崎町2丁目 | ― |
| 飯田橋 いいだばし | 東京都千代田区飯田橋4丁目 | ― |
| 市ケ谷 いちがや | 東京都千代田区五番町 | ― |
| 四ツ谷 よつや | 東京都新宿区四谷1丁目 | ― |
| 信濃町 しなのまち | 東京都新宿区信濃町 | ― |
| 千駄ケ谷 せんだがや | 東京都渋谷区千駄ケ谷1丁目 | ― |
| 代々木 よよぎ | 東京都渋谷区代々木1丁目 | ― |
| ◎新宿 しんじゅく | 東京都新宿区新宿3丁目 | ― |
| 大久保 おおくぼ | 東京都新宿区百人町1丁目 | ― |
| 東中野 ひがしなかの | 東京都中野区東中野4丁目 | ― |
| 中野 なかの | 東京都中野区中野5丁目 | ― |
| 高円寺 こうえんじ | 東京都杉並区高円寺南4丁目 | ― |
| 阿佐ケ谷 あさがや | 東京都杉並区阿佐谷南3丁目 | ― |
| 荻窪 おぎくぼ | 東京都杉並区上荻1丁目 | ― |
| 西荻窪 にしおぎくぼ | 東京都杉並区西荻南3丁目 | ― |
| ◎吉祥寺 きちじょうじ | 東京都武蔵野市吉祥寺南町1丁目 | ― |
| ◎三鷹 みたか | 東京都三鷹市下連雀3丁目 | ― |
| 武蔵境 むさしさかい | 東京都武蔵野市境1丁目 | ― |
| 東小金井 ひがしこがねい | 東京都小金井市梶野町5丁目 | ― |
| ◎武蔵小金井 むさしこがねい | 東京都小金井市本町6丁目 | ― |
| ◎国分寺 こくぶんじ | 東京都国分寺市本町2丁目 | ― |
| 西国分寺 にしこくぶんじ | 東京都国分寺市西恋ケ窪2丁目 | ― |
| ◎国立 くにたち | 東京都国立市北1丁目 | ― |
| ◎立川 たちかわ | 東京都立川市曙町2丁目 | ― |
| ◎日野 ひの | 東京都日野市大坂上1丁目 | ― |
| 豊田 とよだ | 東京都日野市豊田4丁目 | ― |
| ◎八王子 はちおうじ | 東京都八王子市旭町1丁目 | ― |
| 西八王子 にしはちおうじ | 東京都八王子市千人町2丁目 | ― |
| 高尾 たかお | 東京都八王子市高尾町 | ― |
| 相模湖 さがみこ | 神奈川県相模原市相模湖町与瀬 | 神奈川県津久井郡相模湖町与瀬 |
| 藤野 ふじの | 神奈川県相模原市藤野町小渕 | 神奈川県津久井郡藤野町小渕 |
| ◎上野原 うえのはら | 山梨県上野原市新田 | 山梨県北都留郡上野原町新田 |
| 四方津 しおつ | 山梨県上野原市四方津 | 山梨県北都留郡上野原町四方津 |
| 梁川 やながわ | 山梨県大月市梁川町綱の上 | ― |
| 鳥沢 とりさわ | 山梨県大月市富浜町鳥沢 | ― |
| 猿橋 さるはし | 山梨県大月市猿橋町殿上 | ― |
| ◎大月 おおつき | 山梨県大月市大月1丁目 | ― |
| 初狩 はつかり | 山梨県大月市初狩町下初狩原平 | ― |
| 笹子 ささご | 山梨県大月市笹子町黒野田 | ― |
| 甲斐大和 かいやまと | 山梨県甲州市大和町初鹿野 | 山梨県東山梨郡大和村初鹿野 |
| 勝沼ぶどう郷 かつぬまぶどうきょう | 山梨県甲州市勝沼町菱山 | 山梨県東山梨郡勝沼町菱山 |
| ◎塩山 えんざん | 山梨県甲州市塩山上於曽 | 山梨県塩山市上於曽 |
| 東山梨 ひがしやまなし | 山梨県山梨市上之割 | ― |
| ◎山梨市 やまなしし | 山梨県山梨市上神内川 | ― |
| 春日居町 かすがいちょう | 山梨県笛吹市春日居町別田立石 | 山梨県東山梨郡春日居町別田立石 |
| ◎石和温泉 いさわおんせん | 山梨県笛吹市石和町松本 | 山梨県東八代郡石和町松本 |
| 酒折 さかおり | 山梨県甲府市酒折1丁目 | ― |
| ◎甲府 こうふ | 山梨県甲府市丸の内1丁目 | ― |
| ◎竜王 りゅうおう | 山梨県甲斐市竜王新町 | 山梨県中巨摩郡竜王町新町 |
| 塩崎 しおざき | 山梨県甲斐市下今井 | 山梨県北巨摩郡双葉町下今井 |
| ◎韮崎 にらさき | 山梨県韮崎市若宮1丁目 | ― |
| 新府 しんぷ | 山梨県韮崎市中田町中條 | ― |
| 穴山 あなやま | 山梨県韮崎市穴山町夏目 | ― |
| 日野春 ひのはる | 山梨県北杜市長坂町富岡 | 山梨県北巨摩郡長坂町日野字日野春 |
| ◎長坂 ながさか | 山梨県北杜市長坂町長坂上条 | 山梨県北巨摩郡長坂町長坂上条 |
| 小淵沢 こぶちざわ | 山梨県北杜市小淵沢町尾根 | 山梨県北巨摩郡小淵沢町尾根 |
| 信濃境 しなのさかい | 長野県諏訪郡富士見町境 | ― |
| 富士見 ふじみ | 長野県諏訪郡富士見町富士見 | ― |
| すずらんの里 すずらんのさと | 長野県諏訪郡富士見町富士見 | ― |
| 青柳 あおやぎ | 長野県茅野市金沢字青柳 | ― |
| ◎茅野 ちの | 長野県茅野市ちの | ― |
| 普門寺（信） ふもんじ | 長野県諏訪市四賀区普門寺 | ― |
| ◎上諏訪 かみすわ | 長野県諏訪市諏訪1丁目 | ― |
| 下諏訪 しもすわ | 長野県諏訪郡下諏訪町広瀬町 | ― |
| ◎岡谷 おかや | 長野県岡谷市本町1丁目 | ― |
| みどり湖 みどりこ | 長野県塩尻市大字上西條道畑 | ― |
| ◎塩尻 しおじり | 長野県塩尻市大門八番町 | ― |
| 洗馬 せば | 長野県塩尻市大字宗賀字洗馬 | ― |
| 日出塩 ひでしお | 長野県塩尻市大字宗賀字日出塩 | ― |
| 贄川 にえかわ | 長野県塩尻市大字贄川 | 長野県木曽郡楢川村贄川 |
| 木曽平沢 きそひらさわ | 長野県塩尻市大字木曽平沢 | 長野県木曽郡楢川村平沢 |
| 奈良井 ならい | 長野県塩尻市大字奈良井 | 長野県木曽郡楢川村奈良井 |
| 薮原 やぶはら | 長野県木曽郡木祖村大字薮原 | ― |
| 宮ノ越 みやのこし | 長野県木曽郡木曽町宮ノ越 | 長野県木曽郡日義村宮ノ越 |
| 原野 はらの | 長野県木曽郡木曽町日義 | 長野県木曽郡日義村原野 |
| 木曽福島 きそふくしま | 長野県木曽郡木曽町福島 | 長野県木曽郡木曽福島町 |
| 上松 あげまつ | 長野県木曽郡上松町駅前通2丁目 | ― |
| 倉本 くらもと | 長野県木曽郡上松町大字荻原 | ― |
| 須原 すはら | 長野県木曽郡大桑村大字須原 | ― |
| 大桑 おおくわ | 長野県木曽郡大桑村大字長野 | ― |
| 野尻 のじり | 長野県木曽郡大桑村大字野尻 | ― |
| 十二兼 じゅうにかね | 長野県木曽郡南木曽町大字読書 | ― |
| 南木曽 なぎそ | 長野県木曽郡南木曽町大字読書 | ― |
| 田立 ただち | 長野県木曽郡南木曽町大字田立 | ― |
| 坂下 さかした | 岐阜県中津川市坂下 | 岐阜県恵那郡坂下町 |
| 落合川 おちあいがわ | 岐阜県中津川市落合字馬場渡 | ― |
| ◎中津川 なかつがわ | 岐阜県中津川市太田町2丁目 | ― |
| 美乃坂本 みのさかもと | 岐阜県中津川市千旦林字坂本 | ― |
| ◎恵那 えな | 岐阜県恵那市大井町神ノ木 | ― |
| 武並 たけなみ | 岐阜県恵那市武並町竹折 | ― |
| 釜戸 かまど | 岐阜県瑞浪市釜戸町東大島 | ― |
| ◎瑞浪 みずなみ | 岐阜県瑞浪市寺河戸町 | ― |
| ◎土岐市 ときし | 岐阜県土岐市泉町久尻 | ― |
| ◎多治見 たじみ | 岐阜県多治見市音羽町2丁目 | ― |
| 古虎渓 ここけい | 岐阜県多治見市諏訪町神田 | ― |
| 定光寺 じょうこうじ | 愛知県春日井市玉野町 | ― |
| 高蔵寺 こうぞうじ | 愛知県春日井市高蔵寺町3丁目 | ― |
| 神領 じんりょう | 愛知県春日井市神領町向拝 | ― |
| ◎春日井 かすがい | 愛知県春日井市上条町1丁目 | ― |
| 勝川 かちがわ | 愛知県春日井市松新町6丁目 | ― |
| 新守山 しんもりやま | 愛知県名古屋市守山区新守町 | ― |
| 大曽根 おおぞね | 愛知県名古屋市東区東大曽根町 | ― |
| 千種 ちくさ | 愛知県名古屋市千種区内山町3丁目 | ― |
| 鶴舞 つるまい | 愛知県名古屋市中区千代田5丁目 | ― |
| 金山 かなやま | 愛知県名古屋市中区金山1丁目 | ― |
| 山王（信） さんのう | 愛知県名古屋市中川区露橋1丁目 | ― |
| ◎名古屋 なごや | 愛知県名古屋市中村区名駅1丁目 | ― |
岡谷〜辰野〜塩尻 27.7キロ 幹線 全線直流1500V電化 軌間1067ミリ JR東日本所属 第1種鉄道事業 通称「辰野線」
| ◎岡谷 | 長野県岡谷市本町1丁目 | ― |
| 川岸 かわぎし | 長野県岡谷市川岸 | ― |
| 辰野 たつの | 長野県上伊那郡辰野町大字辰野 | ― |
| 信濃川島 しなのかわしま | 長野県上伊那郡辰野町大字上島 | ― |
| 小野 おの | 長野県上伊那郡辰野町小野 | ― |
| ◎塩尻 しおじり | 長野県塩尻市大門八番町 | ― |
青梅線
立川〜奥多摩 37.2キロ 幹線 全線直流1500V電化 軌間1067ミリ JR東日本所属 第1種鉄道事業
沿線自治体に変化なしのため、割愛。
五日市線
拝島〜武蔵五日市 11.1キロ 幹線 全線直流1500V電化 軌間1067ミリ JR東日本所属 第1種鉄道事業
沿線自治体に変化なしのため、割愛。
八高線
八王子〜倉賀野 92.0キロ 地方交通線 八王子〜高麗川間直流1500V電化 高麗川〜倉賀野間非電化 軌間1067ミリ
JR東日本所属 第1種鉄道事業
| ◎八王子 はちおうじ | 東京都八王子市旭町1丁目 | ― |
| 北八王子 きたはちおうじ | 東京都八王子市石川町 | ― |
| 小宮 こみや | 東京都八王子市小宮町 | ― |
| 拝島 はいじま | 東京都昭島市松原町4丁目 | ― |
| 東福生 ひがしふっさ | 東京都福生市武蔵台1丁目 | ― |
| 箱根ケ崎 はこねがさき | 東京都西多摩郡瑞穂町箱根ケ崎 | ― |
| 金子 かねこ | 埼玉県入間市南峯 | ― |
| 東飯能 ひがしはんのう | 埼玉県飯能市東町1丁目 | ― |
| ◎高麗川 こまがわ | 埼玉県日高市大字原宿 | ― |
| 毛呂 もろ | 埼玉県入間郡毛呂山町字岩井 | ― |
| 越生 おごせ | 埼玉県入間郡越生町字越生 | ― |
| 明覚 みょうかく | 埼玉県比企郡ときがわ町大字番匠 | 埼玉県比企郡都幾川村大字番匠 |
| 小川町 おがわまち | 埼玉県比企郡小川町大字大塚 | ― |
| 竹沢 たけざわ | 埼玉県比企郡小川町大字勝呂 | ― |
| 折原 おりはら | 埼玉県大里郡寄居町大字西野入 | ― |
| 寄居 よりい | 埼玉県大里郡寄居町大字寄居 | ― |
| 用土 ようど | 埼玉県大里郡寄居町大字用土 | ― |
| 松久 まつひさ | 埼玉県児玉郡美里町大字甘粕 | ― |
| 児玉 こだま | 埼玉県本庄市児玉町児玉 | 埼玉県児玉郡児玉町大字児玉 |
| 丹荘 たんしょう | 埼玉県児玉郡神川町大字植竹 | ― |
| ◎群馬藤岡 ぐんまふじおか | 群馬県藤岡市藤岡 | ― |
| 北藤岡 きたふじおか | 群馬県藤岡市立石 | ― |
| 倉賀野 くらがの | 群馬県高崎市倉賀野町 | ― |
小海線
小淵沢〜小諸 78.9キロ 地方交通線 全線非電化 軌間1067ミリ JR東日本所属 第1種鉄道事業 愛称「八ケ岳高原線」
| 小淵沢 こぶちざわ | 山梨県北杜市小淵沢町尾根 | 山梨県北巨摩郡小淵沢町尾根 |
| 甲斐小泉 かいこいずみ | 山梨県北杜市長坂町小荒間 | 山梨県北巨摩郡長坂町小荒間 |
| 甲斐大泉 かいおおいずみ | 山梨県北杜市大泉町西井出 | 山梨県北巨摩郡大泉村西井出 |
| 清里 きよさと | 山梨県北杜市高根町清里 | 山梨県北巨摩郡高根町清里 |
| 野辺山 のべやま | 長野県南佐久郡南牧村大字野辺山 | ― |
| 信濃川上 しなのかわかみ | 長野県南佐久郡川上村大字御所平字下り川 | ― |
| 佐久広瀬 さくひろせ | 長野県南佐久郡南牧村大字広瀬 | ― |
| 佐久海ノ口 さくうみのくち | 長野県南佐久郡南牧村大字海ノ口 | ― |
| 海尻 うみじり | 長野県南佐久郡南牧村大字海尻字大畑 | ― |
| 松原湖 まつばらこ | 長野県南佐久郡小海町大字豊里 | ― |
| 小海 こうみ | 長野県南佐久郡小海町大字小海 | ― |
| 馬流 まながし | 長野県南佐久郡小海町大字東馬流 | ― |
| 高岩 たかいわ | 長野県南佐久郡佐久穂町大字穂積 | 長野県南佐久郡八千穂村大字穂積 |
| 八千穂 やちほ | 長野県南佐久郡佐久穂町大字穂積 | 長野県南佐久郡八千穂村大字穂積 |
| 海瀬 かいぜ | 長野県南佐久郡佐久穂町大字海瀬 | 長野県南佐久郡佐久町大字海瀬 |
| 羽黒下 はぐろした | 長野県南佐久郡佐久穂町大字平林 | 長野県南佐久郡佐久町大字平林 |
| 青沼 あおぬま | 長野県佐久市入澤 | 長野県南佐久郡臼田町大字入澤 |
| 臼田 うすだ | 長野県佐久市下越字三反田 | 長野県南佐久郡臼田町大字下越字三反田 |
| 龍岡城 たつおかじょう | 長野県佐久市田口字切合 | 長野県南佐久郡臼田町大字田口字切合 |
| 太田部 おおたべ | 長野県佐久市大字太田部字久禄添 | ― |
| ◎中込 なかごみ | 長野県佐久市大字中込 | ― |
| 滑津 なめづ | 長野県佐久市大字中込字宮久保 | ― |
| 北中込 きたなかごみ | 長野県佐久市大字中込 | ― |
| 岩村田 いわむらだ | 長野県佐久市大字岩村田 | ― |
| 佐久平 さくだいら | 長野県佐久市佐久平駅東 | 長野県佐久市大字長土呂 |
| 中佐都 なかさと | 長野県佐久市大字長土呂 | ― |
| 美里 みさと | 長野県小諸市大字市字土橋 | ― |
| 三岡 みつおか | 長野県小諸市大字森山 | ― |
| 乙女 おとめ | 長野県小諸市大字甲 | ― |
| 東小諸 ひがしこもろ | 長野県小諸市大字甲 | ― |
| ◎小諸 こもろ | 長野県小諸市相生町1丁目 | ― |
篠ノ井線
塩尻〜篠ノ井 66.7キロ 幹線 全線直流1500V電化 軌間1067ミリ JR東日本所属 第1種鉄道事業
| ◎塩尻 しおじり | 長野県塩尻市大門八番町 | ― |
| 広丘 ひろおか | 長野県塩尻市大字広丘野村 | ― |
| 村井 むらい | 長野県松本市大字芳川村井町 | ― |
| 平田 ひらた | 長野県松本市平田西2丁目 | 未開業 平成19年3月18日開業 |
| 南松本 みなみまつもと | 長野県松本市大字出川町 | ― |
| ◎松本 まつもと | 長野県松本市深志1丁目 | ― |
| 平瀬（信） ひらせ | 長野県松本市大字島内 | ― |
| 田沢 たざわ | 長野県安曇野市豊科田沢 | 長野県南安曇郡豊科町田澤 |
| 明科 あかしな | 長野県安曇野市明科中川手 | 長野県東筑摩郡明科町中川手 |
| 西条 にしじょう | 長野県東筑摩郡筑北村東条 | 長野県東筑摩郡本城村東条 |
| 坂北 さかきた | 長野県東筑摩郡筑北村坂北 | 長野県東筑摩郡坂北村字上原 |
| 聖高原 ひじりこうげん | 長野県東筑摩郡麻績村麻 | ― |
| 冠着 かむりき | 長野県東筑摩郡筑北村坂井 | 長野県東筑摩郡坂井村大野田 |
| 羽尾（信） はねお | 長野県千曲市羽尾 | 長野県埴科郡戸倉町羽尾 |
| 姨捨 おばすて | 長野県千曲市大字八幡 | 長野県更埴市大字八幡 |
| 桑ノ原（信） くわのはら | 長野県千曲市大字桑原字柄木沢 | 長野県更埴市大字桑原字柄木沢 |
| 稲荷山 いなりやま | 長野県長野市篠ノ井塩崎 | ― |
| 篠ノ井 しののい | 長野県長野市篠ノ井布施高田 | ― |
大糸線
松本〜糸魚川 105.4キロ 地方交通線 松本〜南小谷間直流1500V電化 南小谷〜糸魚川間非電化 軌間1067ミリ
松本〜南小谷間／JR東日本所属 南小谷〜糸魚川間／JR西日本所属 南小谷駅の帰属はJR東日本 第1種鉄道事業
愛称「北アルプス線」
| ◎松本 まつもと | 長野県松本市深志1丁目 | ― |
| 北松本 きたまつもと | 長野県松本市白板1丁目 | ― |
| 島内 しまうち | 長野県松本市大字島内青島 | ― |
| 島高松 しまたかまつ | 長野県松本市大字島内高松 | ― |
| 梓橋 あずさばし | 長野県安曇野市豊科高家 | 長野県南安曇郡豊科町大字高家 |
| 一日市場 ひといちば | 長野県安曇野市三郷明盛 | 長野県南安曇郡三郷村大字明盛 |
| 中萱 なかがや | 長野県安曇野市三郷明盛 | 長野県南安曇郡三郷村大字明盛 |
| 南豊科 みなみとよしな | 長野県安曇野市豊科 | 長野県南安曇郡豊科町大字豊科 |
| ◎豊科 とよしな | 長野県安曇野市豊科 | 長野県南安曇郡豊科町大字豊科 |
| 柏矢町 はくやちょう | 長野県安曇野市穂高柏原 | 長野県南安曇郡穂高町大字柏原 |
| 穂高 ほたか | 長野県安曇野市穂高 | 長野県南安曇郡穂高町大字穂高 |
| 有明 ありあけ | 長野県安曇野市穂高北穂高 | 長野県南安曇郡穂高町大字北穂高 |
| 安曇追分 あずみおいわけ | 長野県安曇野市穂高北穂高 | 長野県南安曇郡穂高町大字北穂高 |
| 細野 ほその | 長野県北安曇郡松川村細野 | ― |
| 北細野 きたほその | 長野県北安曇郡松川村東松川 | ― |
| 信濃松川 しなのまつかわ | 長野県北安曇郡松川村緑町 | ― |
| 安曇沓掛 あずみくつかけ | 長野県大町市大字常盤区須沼 | ― |
| 信濃常盤 しなのときわ | 長野県大町市大字常盤区下一本木 | ― |
| 南大町 みなみおおまち | 長野県大町市大字大町字大新田 | ― |
| ◎信濃大町 しなのおおまち | 長野県大町市大字大町 | ― |
| 北大町 きたおおまち | 長野県大町市大字大町字荒沢 | ― |
| 信濃木崎 しなのきざき | 長野県大町市大字平字木崎 | ― |
| 稲尾 いなお | 長野県大町市大字平字道下 | ― |
| 海ノ口 うみのくち | 長野県大町市大字平字下海道 | ― |
| 簗場 やなば | 長野県大町市大字平字中網 | ― |
| ヤナバスキー場前（臨） やなばすきーじょうまえ |
長野県大町市大字平 | ― |
| 南神城 みなみかみしろ | 長野県北安曇郡白馬村大字神城 | ― |
| 神城 かみしろ | 長野県北安曇郡白馬村大字神城 | ― |
| 飯森 いいもり | 長野県北安曇郡白馬村大字神城字飯森 | ― |
| 白馬 はくば | 長野県北安曇郡白馬村大字北城四ツ谷 | ― |
| 信濃森上 しなのもりうえ | 長野県北安曇郡白馬村大字北城 | ― |
| 白馬大池 はくばおおいけ | 長野県北安曇郡小谷村大字千国乙 | ― |
| 千国 ちくに | 長野県北安曇郡小谷村大字千国乙 | ― |
| 南小谷 みなみおたり | 長野県北安曇郡小谷村千国乙 | ― |
| 中土 なかつち | 長野県北安曇郡小谷村大字中小谷丙字池原下 | ― |
| 北小谷 きたおたり | 長野県北安曇郡小谷村大字北小谷字向平 | ― |
| 平岩 ひらいわ | 新潟県糸魚川市大字大所字平岩 | ― |
| 小滝 こたき | 新潟県糸魚川市大字小滝字尾巻 | ― |
| 根知 ねち | 新潟県糸魚川市大字根小屋字松川道外 | ― |
| 頸城大野 くびきおおの | 新潟県糸魚川市大字大野字稲場 | ― |
| 姫川 ひめかわ | 新潟県糸魚川市大字大野字横戸 | ― |
| ◎糸魚川 いといがわ | 新潟県糸魚川市大町1丁目 | ― |
太多線
多治見〜美濃太田 17.8キロ 地方交通線 全線非電化 軌間1067ミリ JR東海所属 第1種鉄道事業
沿線自治体に変化なしのため、割愛。